Osmanlı Devleti döneminde cemaatler şeklinde örgütlenmiş olan gayrimüslimler Cumhuriyet döneminde de Lozan antlaşması çerçevesinde cemaat yapıları ile varlıklarını devam ettirdiler. Azınlık cemaatlerinin temel dayanağı ise kendilerine ait olan vakıflardı. Bu vakıflar eliyle kendilerine ait okul, hastane, yetimhane kurarak cemaatlerinin ihtiyaçlarına cevap vermeye çalıştılar. 

Osmanlı’dan Cumhuriyet’e bu şekilde doğal süreci içinde devam eden azınlık vakıfları 1935 yılında yapılan bir çalışma ile sıkıntılı bir sürece girdi. 1935 yılına gelindiğinde Vakıflar Genel Müdürlüğü vakıflardan ellerindeki taşınmazların listesini içeren bir mal beyannamesinde bulunmalarını istedi. Amaç yeni kurulmuş Cumhuriyet yönetiminin tapu kayıtlarını düzenlemek ve vakıf mallarını tam olarak tespit etmekti. Bu istek üzerine vakıflar kendilerine ait olan malların listesini hazırlayarak Vakıflar Genel Müdürlüğüne teslim ettiler. Bu tarihten 1960’lı yıllara kadar azınlık vakıflarının yeni mal edinmesi ile ilgili her hangi bir sorunları olmadı tüzel kişilikleri çerçevesinde yeni taşınmazlara sahip oldular.

Ancak 1960’lı yıllardan itibaren Kıbrıs meselesinin ortaya çıkması, devletin azınlıklara ve azınlık vakıflarına yönelik bakışında değişikliğe sebep oldu. Vakıflar Genel Müdürlüğü bu yıllarda azınlık vakıflarından ellerindeki taşınmazların yasal olarak kendilerine ait olduğunu vakıf senedi ile ispat etmelerini istemeye başladı. Ancak Osmanlı döneminde Padişah fermanı ile kurulan gayrimüslim vakıflarının vakıf senetleri bulunmamaktaydı. Olmayan vakıf Senedinin ibrazı da mümkün değildi. Bu durum üzerine Vakıflar Genel Müdürlüğü 1936 yılında verilmiş beyannameyi vakıf senedi olarak kabul etti ve beyannameye kayıtlı olmayan yani sonradan elde edilen taşınmazlara el koymaya başladı. El konulan taşınmazlar öncelikle asıl sahiplerine teslim edilecekti, asıl sahipleri yaşamıyorsa ve mirasçıları da bulunmuyorsa Vakıflar Genel Müdürlüğü  ve Hazineye geçecekti. 

Bu gelişmelerin ardından azınlık cemaatleri mahkemelere başvurarak çok sayıda dava açtılar. Ancak açılan davaların kazanan tarafı hep Vakıflar Genel Müdürlüğü oldu. Üst mahkemelere yapılan başvurularda da farklı bir netice alınamadı.

Yargıtay Genel İdare Kurulu 1974 yılında verdiği karar ile konu hakkında son sözünü söyledi: “Türk olmayanların meydana getirdikleri tüzel kişiliklerin taşınmaz mal edinmeleri yasaklanmıştır.” Kısacası Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olan gayrimüslimler Türk değillerdi ve bunların vakıfları taşınmaz mal edinemezdi. 

Yargıtay’dan çıkan bu kararın ardından azınlık vakıflarının mallarına el koyma işlemi daha da hızlandı. O tarihlerden bugüne kadar azınlık vakıflarına ait el konulmuş taşınmazların sayısı tam olarak belli olmamakla beraber Rum vakıflarına ait 100, Ermeni vakıflarına ait ise 40 kadar taşınmaza el konulmuş olduğu belirtilmektedir. (Dünya Bülteni)